سابقه حوزه علمیه آشتیان به اواسط قرن سیزدهم هجری می‌رسد. مدرسه علمیه صاحب الامر (عج) در سال ۱۲۷۰ق ساخته شده است و «شیخ جعفر آشتیانی» یکی از اساتید مبرّز مدرسه بود که به تدریس فقه و اصول و پرورش شاگردان اهتمام داشت.

از سال ۱۳۸۰ق در دوره مرجعیت آیت‌الله بروجردی، حوزه آشتیان رونق تازه یافت و بیش از ۴۰۰ طالب علم را پرورش داد. بعد از انقلاب اسلامی تصدی حوزه آشتیان به عهده آیت‌الله ابوالقاسم دانش آشتیانی بوده و در حال حاضر بر عهده آیت‌الله سپاسی آشتیانی رئیس مرکز صیانتی حوزه‌های علمیه کشور می‌باشد. این حوزه پس از پیروزی انقلاب در سنگرهای دفاع مقدس، شهدایی را تقدیم اسلام و قرآن نموده است.

برخی از فرزانگان حوزه علمیه آشتیان که به طور غالب علوم مقدماتی و سطح را در این مکان آموخته و سطوح عالی را در حوزه‌های بزرگی چون قم و نجف تکمیل کرده‌اند، عبارتند از: میرزا حسن آشتیانی، شیخ مرتضی آشتیانی، آقا مصطفی آشتیانی، حاج میرزا‌ هاشم آشتیانی، میرزا احمد آشتیانی، میرزا مهدی آشتیانی، میرزا محمود آشتیانی، میرزا باقر آشتیانی، آیت ‌الله ابوالقاسم دانش آشتیانی، حجت‌الاسلام محمدرضا آشتیانی، سیدجلال‌الدین آشتیانی و شهید دکتر غلامرضا دانش آشتیانی.

در حال حاضر این مدرسه با مدیریت و کادر جدید و همچنین اساتید مجرب، از حوزه‌های علمیه موفق در سطح کشور و استان مرکزی به شمار می‌رود.